Το 1961 άρχισε να λειτουργεί σαν μουσείο και στέγασε την συλλογή ή καλύτερα το τμήμα της συλλογής του Rene Puaux, που παραδόθηκε στο Δήμο Πύλου. Παρ όλα αυτά η συλλογή του Rene Ruaux, δεν έχει βρει ακόμη τη στέγη της. Η έκθεση των κειμηλίων, μετά από συντήρηση στην Αθήνα, βρίσκεται στους ανακαινισμένους στρατώνες του Μαιζώνος, στο κάστρο. Το Αντωνοπούλειο Μουσείο της Πύλου λειτουργεί σαν αρχαιολογικό Μουσείο. Τα εκθέματα ανήκουν στη Μυκηναϊκή εποχή ή και παλιότερα, στην Αρχαϊκή, την Ελληνιστική αλλά και τη Ρωμαϊκή Εποχή.

Τα εκθέματα προέρχονται από την ευρύτερη περιοχή της Πύλου. Από τα εκθέματα εντυπωσιάζουν ο ταφικός πίθος από την Κουκουνάρα και βέβαια η επένδυση του κράνους πολεμιστή από δόντια αγριόχοιρου που συναντάται εδώ, αλλά και στο μουσείο του Ναυπλίου και αποτελεί κοινό χαρακτηριστικό του στρατιώτη-πολεμιστή των Αχαιών. τα τρία γυάλινα αγγεία αλλά και ο μεγάλος αστράγαλος από τον Ελληνιστικό τύμβο της Τραγάνας.

Το Μουσείο ιδρύθηκε το 1969 από την Αρχαιολογική Υπηρεσία με ευθύνη της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ολυμπίας. Στις συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνονται: Αγγεία και αντικείμενα μικροτεχνίας, μεσοελλαδικών και μυκηναϊκών χρόνων από τις θέσεις Περιστεριά, Ρούτση, Βολιμίδια, Τραγάνα κ.ά., Κινητά ευρήματα από το Ανάκτορο του Νέστορος στον Εγκλιανό. Από τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι: Χρυσά κοσμήματα και χρυσά κύπελλα από τους θολωτούς τάφους της Περιστεριάς Τριφυλίας.

Χρονολογούνται στον 16ο-15ο αιώνα π.Χ. Δύο εντυπωσιακοί πιθαμφορείς με διακόσμηση "ανακτορικού ρυθμού". Προέρχονται από το θολωτό τάφο στο Ρούτση (15ος αιώνας π.Χ.). Τοιχογραφίες από το Ανάκτορο του Νέστορος με πολεμικές σκηνές και άλλα θέματα. Χρονολογούνται στον 13ο αιώνα π.Χ. Εκμαγεία από πήλινες πινακίδες με Γραμμική Β΄γραφή που τα πρωτότυπα τους βρίσκονται στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο. Χρονολογούνται στον 13ο αιώνα π.Χ.

Υστερομυκηναϊκό τριποδικό τελετουργικό αγγείο (ρυτό) με τρεις κεφαλές ζώων (ταύρου και ελαφιών) μοναδικό στο είδος του. Προέρχεται από το νεκροταφείο στα Βολιμίδια. Χρονολογείται στον 14ο-13ο αιώνα π.Χ. Μεσσηνιακό δίδυμο κύπελλο γνωστό και ως "δέπας αμφικύπελλον" από τους τάφους των Βολιμιδίων. Πήλινος κρατευτής από το Ανάκτορο του Νέστορος. Πρόκειται για ανεξάρτητο σκεύος για τη στήριξη των οβελών που χρησιμοποιούντο για το ψήσιμο του κρέατος. Είναι ο μόνος που γνωρίζουμε από κατοικία Μυκηναίου άνακτα.

Το Μπενάκειο Αρχαιολογικό Μουσείο βρίσκεται στην καρδιά του ιστορικού κέντρου της Καλαμάτας, στη συμβολή των οδών Μπενάκη και Παπάζογλου. Αυτή η ενετικού τύπου οικία, ένα από τα αξιολογότερα κτήρια της πόλης, στεγάζει μια πλούσια συλλογή αρχαιοτήτων, που προέρχονται από διάφορες θέσεις του νομού Μεσσηνίας και χρονολογούνται από την Εποχή του Χαλκού έωςτους Ρωμαϊκούς χρόνους.

Το μουσείο οφείλει το όνομά του στον Αντώνιο Μπενάκη, ιδρυτή του ομώνυμου αθηναϊκού μουσείου. Το 1962, ύστερα από δική του επιθυμία, οι κληρονόμοι του δώρισαν στην Αρχαιολογική Υπηρεσία την παραπάνω οικία, που είχε κτισθεί επί Τουρκοκρατίας το 1742 και είχε συνδεθεί με σημαντικά ιστορικά γεγονότα εκείνης της εποχής. Το 1971 λειτούργησε για πρώτη φορά ως μουσείο.

Στην παλιά έκθεση, που εκτεινόταν στο ισόγειο και το δεύτερο όροφο του κτηρίου, παρουσιάζονταν ευρήματα που προέρχονταν κυρίως από δύο σημαντικές ανασκαφές, της Μάλθης και των Νιχωρίων, αλλά και από άλλες μικρότερες που διεξήγαγε η Ζ´ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων. Σύμφωνα με τους όρους της δωρεάς, ο μεσαίος όροφος φιλοξενούσε βυζαντινές αρχαιότητες και ιστορικά κειμήλια της Καλαμάτας.

 Ο καταστροφικός σεισμός που έπληξε την Καλαμάτα στις 14 Σεπτεμβρίου 1986, απέβη μοιραίος και για το μουσείο.

Το κτήριο και τα περισσότερα εκθέματα υπέστησαν σοβαρές ζημιές. Καταβάλλοντας υπεράνθρωπες προσπάθειες, οι αρχαιολόγοι, συντηρητές και εργάτες της Ζ´ Εφορείας Αρχαιοτήτων συσκεύασαν και μετέφεραν τα αρχαία στο Μουσείο Αρχαίας Ολυμπίας για φύλαξη και συντήρηση.